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Afinando

Ya conocemos qué son los términos MeSH de Pubmed y cómo se puede realizar una búsqueda avanzada con ellos. Vimos que el método de búsqueda seleccionando los descriptores puede ser un poco laborioso, pero nos permitía seleccionar muy bien, no solo el descriptor, sino también alguno de sus subencabezados, incluir o no los términos que dependían de él en la jerarquía, etc.

Hoy vamos a ver otra forma de búsqueda avanzada algo más rápida a la hora de construir la cadena de búsqueda, y que nos permite, además, combinar varias búsquedas diferentes. Vamos a utilizar el formulario de búsqueda avanzada de Pubmed.

Para empezar, hacemos click en el enlace “Advanced” que hay debajo de la caja de búsqueda en la página de inicio de Pubmed. Esto nos lleva a la página de búsqueda avanzada, que veis en la figura 1. Echemos un vistazo.

En primer lugar hay una caja con el texto “Use the builder below to create your search” y sobre la que, inicialmente, no podemos escribir. Aquí se va ir formando la cadena de búsqueda que Pubmed va a emplear cuando pulsemos el Botón “Search”. Esta cadena podrá editarse pulsando sobre el enlace que hay debajo a la izquierda de la caja, “Edit”, lo que nos permitirá quitar o poner texto a la cadena de búsqueda que se haya elaborado hasta entonces, con texto libre o controlado, para volver a dar al botón “Search” y repetir la búsqueda con la nueva cadena. También hay un enlace debajo y a la derecha de la caja que dice “Clear”, con el que podremos borrar su contenido.

Debajo de esta caja de texto tenemos el constructor de la cadena de búsqueda (“Builder”), con varias filas de campos. En cada fila introduciremos un descriptor diferente, así que podremos añadir o quitar las filas que necesitemos con los botones “+” y “-“ que hay a la derecha de cada fila.

Dentro de cada fila hay varias cajas. La primera, que no está en la primera fila, es un desplegable con el operador booleano de búsqueda. Por defecto marca el AND, pero podemos cambiarlo si queremos. El siguiente es un desplegable en el que podemos seleccionar dónde queremos que se busque el descriptor. Por defecto marca “All Fields”, todos los campos, pero podemos seleccionar solo el título, solo el autor, solo último autor y muchas otras posibilidades. En el centro está la caja de texto donde introduciremos el descriptor. A su derecha, los botones “+” y “-“ que ya hemos nombrado. Y, por último, en el extremo derecho hay un enlace que dice “Show index list”. Este es una ayuda de Pubmed, ya que si pulsamos sobre él, nos dará una lista de los posibles descriptores que se ajustan a lo que hayamos escrito en la caja de texto.

Según vamos introduciendo términos en las cajas, creando las filas que necesitemos y seleccionando los operadores booleanos de cada fila, se irá formando la cadena de búsqueda, Cuando hayamos terminado podremos hacer dos cosas.

La más habitual será pulsar el botón “Search” y hacer la búsqueda. Pero hay otra posibilidad, que es clicar en el enlace “Add to history”, con lo que la búsqueda se almacena en la parte inferior de la pantalla, donde dice “History”. Esto será muy útil, ya que las búsquedas que se hayan guardado se pueden introducir en bloque en el campo de los descriptores al hacer una nueva búsqueda y combinarse con otras búsquedas o con series de descriptores. ¿Os parece un poco lioso? Vamos a aclararnos con un ejemplo.

Supongamos que yo trato la otitis media de mis lactantes con amoxicilina, pero quiero saber si otros fármacos, en concreto el cefaclor y la cefuroxima, mejoran el pronóstico. Aquí tenemos dos preguntas clínicas estructuradas. La primera diría “¿El tratamiento con cefaclor mejora el pronóstico de la otitis media en lactantes?”. La segunda diría lo mismo pero cambiando cefaclor por cefuroxima. Así que habría dos búsquedas diferentes, una con los términos infants, otitis media, amoxicillin, cefaclor y prognosis, y otra con los términos infants, otitis media, amoxicillin, cefuroxime y prognosis.

Lo que vamos a hacer es planear tres búsquedas. Una primera sobre artículos que hablen sobre el pronóstico de la otitis media en lactantes; una segunda sobre cefaclor; y una tercera sobre cefuroxima. Finalmente, combinaremos la primera con la segunda y la primera con la tercera en dos búsquedas diferentes, utilizando el booleano AND.

Empecemos. Escribimos otitis en la caja de texto de la primera fila de búsqueda y pulsamos el enlace “Show index”. Aparece un desplegable enorme con la lista de los descriptores relacionados (cuando veamos una palabra seguida de la barra inclinada y de otra palabra querrá decir que es un subencabezado del descriptor). Si buscamos, hay una posibilidad que dice “otitis/media infants” que se ajusta bien a lo que nos interesa, así que la seleccionamos. Ya podemos cerrar la lista de descriptores, pulsando el enlace “Hide index list”. Ahora en la segunda caja escribimos prognosis (debemos seguir el mismo método: escribir parte en la caja y seleccionar el término de la lista de índices). Nos aparece una tercera fila de cajas (si no es así, pulsamos el botón “+”). En esta tercera fila escribimos amoxicillin. Por último, vamos a excluir de la búsqueda los artículos que traten sobre la combinación de amoxicilina y ácido clavulánico. Escribimos clavulanic y pulsamos “Show index list”, con lo que nos enseña el descriptor “clavulanic acid”, que seleccionamos. Como lo que queremos es excluir estos trabajos de la búsqueda, cambiamos el operador booleano de esa fila a NOT.

En la figura 2 de pantalla podéis ver lo que hemos hecho hasta ahora. Veis que los términos están entre comillas. Eso es porque hemos elegido los MeSH de la lista de índices. Si escribimos directamente el texto en la caja aparecen sin comillas, lo que equivale a decir que la búsqueda se hace con texto libre (se pierde la precisión del lenguaje controlado de los términos MeSH). Fijaos además que en la primera caja de texto del formulario se nos ha escrito la cadena de búsqueda que hemos construido hasta ahora, que dice (((“otitis/media infants”) AND prognosis) AND amoxicillin) NOT “clavulanic acid”. Si quisiéramos, ya hemos dicho que podríamos modificarla, pero la vamos a dejar como está.

Ahora podríamos pulsar “Search” y hacer la búsqueda o directamente pulsar sobre el enlace “Add to history”. Para que veáis cómo se van recortando el número de artículos encontrados, pulsad en “Search”. Yo obtengo un listado con 98 resultados (el número puede depender del momento en el que hacéis la búsqueda). Muy bien, pulsamos en el enlace “Advanced” (en la parte superior de la pantalla) para volver al formulario de búsqueda avanzada.

En la parte inferior de la pantalla podemos ver guardada la primera búsqueda, numerada como #1 (podéis verlo en la figura 3).

Lo que queda ya es más sencillo. Escribimos cefaclor en la caja de texto y damos al enlace “Add to history”. Repetimos el proceso con el término cefuroxime. El resultados lo tenéis en la figura 4. Veis cómo Pubmed nos ha guardado las tres búsquedas en el historial de búsquedas. Si ahora queremos combinarlas, no tenemos más que hacer click sobre el número de cada una (se abrirá una ventana para que cliquemos en el booleano que nos interese, en este caso todos AND).

Primero hacemos click en #1 y #2, seleccionando AND. Veis cómo queda en la quinta captura de pantalla. Fijaos que la cadena de búsqueda se ha complicado un poco: (((((otitis/media infants) AND prognosis) AND amoxicillin) NOT clavulanic acid)) AND cefaclor. Como curiosidad os diré que, si escribimos directamente esta cadena en la caja de búsqueda simple, el resultado sería el mismo. Es el método que emplean los que dominan totalmente la jerga de este buscador. Pero nosotros tenemos que hacerlo con la ayuda del formulario de búsqueda avanzada. Pulsamos “Search” y obtenemos siete resultados que serán (eso esperamos) trabajos que comparen la amoxicilina con el cefaclor para el tratamiento de la otitis media en lactantes.

Volvemos a hacer click sobre el enlace “Advanced” y, en el formulario vemos que hay una búsqueda más, la #4, que es la combinación de la #1 y la #2. Ya podéis haceros una idea de lo que puede complicarse esto de combinar unas con otras, sumando o restando según el operador booleano que elijamos. Bueno, pues hacemos click sobre la #1 y la #3 y pulsamos “Search”, encontrando cinco trabajos que deben tratar sobre el problema que estamos buscando.

Vamos a ir terminando por hoy. Creo que queda demostrado que el uso de términos MeSH y de búsqueda avanzada rinde resultados más específicos que la búsqueda simple. Lo habitual con la búsqueda simple con lenguaje natural es obtener listados interminables de trabajos, la mayoría sin interés para nuestra pregunta clínica. Pero tenemos que tener en cuenta una cosa. Ya dijimos que hay una serie de personas que se dedican a adjudicar los descriptores MeSH a los artículos que entran en la base de datos de Medline. Como es lógico, desde que el artículo entra en la base de datos hasta que se le indexa (se le adjudican los MeSH) pasa algo de tiempo y durante ese tiempo no podremos encontrarlo usando términos MeSH. Por este motivo, puede no ser mala idea hacer una búsqueda con lenguaje natural después de la avanzada y mirar si en los primeros de la lista hay algún artículo que todavía no esté indexado y que nos pueda interesar.

Por último, comentar que las búsquedas pueden conservarse descargándolas a nuestro disco (pulsando el enlace “download history”) o, mucho mejor, creando una cuenta en Pubmed haciendo click sobre el enlace de la parte superior derecha de la pantalla que dice “Sign in to NCBI”. Esto es gratis y nos permite guardar el trabajo de búsqueda de una vez para otra, lo cual puede ser muy útil para usar otras herramientas como las Clinical Queries o los filtros del buscador. Pero esa es otra historia…

La jerga del buscador

Vimos en una entrada anterior cómo hacer una búsqueda con Pubmed utilizando el sistema más sencillo, que es introducir texto en lenguaje natural en la casilla de búsqueda simple y pulsar el botón “Search”. Este método es bastante fácil e incluso funciona bastante bien cuando estamos buscando algo sobre enfermedades muy raras pero, en general, nos dará una lista de resultados muy sensible y poco específica, lo que en este contexto quiere decir que obtendremos un número grande artículos, pero muchos de ellos tendrán poco que ver con lo que estamos buscando.

En estos casos tendremos que utilizar alguna herramienta para que el resultado sea más específico: menos artículos y más relacionados con el problema que origina la búsqueda. Una de la formas es realizar una búsqueda avanzada en lugar de la búsqueda simple, pero para ello tendremos que utilizar la jerga propia del buscador, los llamados descriptores temáticos de lenguaje controlado.

Un descriptor es un término que se utiliza para elaborar índices, también llamados tesauros. En lugar de usar las palabras del lenguaje natural, éstas se seleccionan o agrupan bajo unos términos específicos, que son los que van a servir de clave en el índice de la base de datos del buscador.

El tesauro, formado por el conjunto de descriptores, es específico de cada buscador, aunque muchos términos pueden ser comunes. En el caso de Pubmed los descriptores se conocen con el nombre de términos MeSH, que son las iniciales de su nombre en inglés, Medical Subject Headings.

Este tesauro o lista de términos con vocabulario controlado ha sido también elaborado por la National Library of Medicine y constituye otra base de datos con más de 30.000 términos que se actualizan con periodicidad anual. Dentro de la National Library hay una serie de personas cuya misión es analizar los nuevos artículos que se incorporan a la base de datos de Medline y asignarles los descriptores que mejor se ajustan a su contenido. Así, cuando busquemos utilizando un descriptor en concreto, hallaremos los artículos que estén indexados con este descriptor.

Pero la cosa de los descriptores es un poco más complicada de lo que pueda parecer, ya que se agrupan en jerarquías (MeSH Tree Structures), pudiendo un mismo descriptor pertenecer a varias jerarquías, además de tener subencabezados (Subheadings), de tal forma que podemos buscar utilizando el término MeSH general o restringir más la búsqueda usando uno de sus subencabezados. La verdad es que leyendo todo esto dan ganas de olvidarse de la búsqueda usando el tesauro, pero no podemos permitirnos ese lujo: la búsqueda utilizando la base de datos MeSH es la más efectiva y precisa, ya que el lenguaje ha sido controlado para eliminar imprecisiones y sinonimias propias del lenguaje natural.

Además, la cosa no es tan complicada cuando nos ponemos a trabajar con ello. Vamos a verlo con el ejemplo que usamos para mostrar la búsqueda simple. Queremos comparar la eficacia de la amoxicilina y del cefaclor sobre la duración de la otitis media en lactantes. Tras elaborar la pregunta clínica estructurada obtenemos nuestros cinco términos de búsqueda, en lenguaje natural: otitis, lactantes, amoxicilina, cefaclor y pronóstico.

Ahora podéis ir a la página de inicio de Pubmed (recordad el atajo: escribir pubmed en la barra del navegador y pulsar control-enter). Debajo de la ventana de búsqueda simple vimos que hay tres columnas. Nos fijamos en la de la derecha, “More Resources” y hacemos click en la primera de las opciones, “MeSH Database”, con lo que accedemos a la página de inicio de la base de datos de descriptores (como se ve en la primera figura).Si escribimos otitis en la ventana de búsqueda vemos que Pubmed nos echa una mano desplegando una lista con los términos que se parecen a lo que estamos escribiendo. Uno de ellos es otitis media, que es lo que nos interesa, así que la seleccionamos y Pubmed nos lleva a la siguiente página, donde hay varias opciones para elegir. En el momento en que yo hago la búsqueda hay tres opciones: “Otitis Media”, “Otitis Media, Suppurative” y “Otitis Media with Effusion”. Fijaos que Pubmed nos define cada uno, para que entendamos bien a qué se refiere con cada término. Estos son los tres términos MeSH que se ajustan a lo que hemos pedido, pero tenemos que elegir uno.

Lo más sencillo que podemos hacer desde esta ventana es marcar el cuadro de selección que hay a la izquierda del término que nos interese y pulsar el botón que hay en la parte derecha de la pantalla y que dice “add to search builder”. Si hacemos esto, Pubmed comienza a construir la cadena de búsqueda empezando con el término elegido (si hacemos esto con el primer término de la lista veréis que aparece el texto “Otitis Media”[Mesh] en la caja de texto “Pubmed Search Builder”, en la parte superior derecha de la pantalla (como veis en la figura adjunta).

Pero recordad que hemos dicho que los términos MeSH tienen subencabezados. Para llegar a ellos, en vez de marcar el cuadro de selección del término “Otitis Media”, hacemos click sobre él, abriéndose la ventana con los subencabezados (Subheadings), como podéis ver en la segunda figura.Cada uno de los términos con su cuadro de selección a la izquierda corresponde a un subencabezado del descriptor “Otitis Media” (el descriptor está en inglés, aunque en este caso coincida con el término en castellano. Os aconsejo trabajar siempre en inglés con la base de datos MeSH). Por ejemplo, si nos interesase hacer una búsqueda dirigida al coste del tratamiento, podríamos marcar el subencabezado “economics” y pulsar entonces el botón de añadir a la búsqueda. El texto que aparecería en la caja de texto de la cadena de búsqueda sería “Otitis Media/economics”[Mesh] y el resultado de la búsqueda sería un poco más específico.

Antes de dejar la ventana del término MeSH vamos a fijarnos en un par de cosas. Además de los subencabezados, que pueden ser más o menos numerosos, la parte inferior de la página nos muestra la jerarquía del descriptor (MeSH Tree Structure). Nuestro descriptor está en negrita, así que podemos ver de qué términos depende y cuáles dependen de él. En algún caso puede interesarnos más utilizar un término superior para la búsqueda, así que no tendremos más que hacer click sobre él para ir a su propia ventana. Si hacemos esto, en general, la búsqueda será más sensible y menos específica (más ruido y menos nueces).

También podemos hacer click en un término que esté por debajo en la jerarquía, haciendo la búsqueda más específica y disminuyendo el número de resultados.

Y la cosa no acaba aquí. Si seleccionamos un término MeSH para la búsqueda, en ésta se incluyen los términos que están por debajo en la jerarquía. Por ejemplo, si seleccionamos el descriptor “Otitis Media” se incluirán en la búsqueda todos los que cuelgan de él (mastoidits, otits con derrame, otitis supurativa y petrositis, que pueden no interesarnos en absoluto). Esto podemos evitarlo marcando el cuadro que dice “Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy” (no incluir los términos que estén por debajo en la jerarquía).

Bueno, creo que vamos a ir terminando con este ejemplo, si es que todavía hay alguien que sigue leyendo a estas alturas. Supongamos que optamos por lo más sencillo: vamos a “Otitis Media” y lo añadimos a la búsqueda. A continuación escribimos el segundo término de búsqueda en la ventada de búsqueda de la base de datos: infants. Nos salen 14 posibilidades, seleccionamos la primera (“Infant”) y lo añadimos a la búsqueda. Hacemos lo mismo con “Amoxicillin”, “Cefaclor” y “Prognosis”. Cuando hemos añadido todos a la cadena de búsqueda (fijaos que el operador booleano por defecto es AND, pero podemos cambiarlo), la cade de búsqueda es la siguiente: ((((“Otitis Media”[Mesh]) AND “Infant”[Mesh]) AND “Amoxicillin”[Mesh]) AND “Cefaclor”[Mesh]) AND “Prognosis”[Mesh].

Finalmente, pulsamos el botón “Search Pubmed” y obtenemos el resultado de la búsqueda que, en este caso, es un poco más restringida que la que obteníamos con lenguaje natural (esto suele ser lo habitual).

Si quisiésemos quitar los trabajos sobre el clavulánico, como hicimos en el ejemplo con la búsqueda simple, podríamos añadir el término clavulanate igual que con añadimos los otros términos, pero cambiando el operador booleano AND por el operador NOT. Pero hay otra forma que es, incluso, más sencilla. Si os fijáis, cuando Pubmed nos da la lista de resultados, en la ventana de búsqueda de Pubmed está escrita la cadena de búsqueda que se ha utilizado y nosotros podemos añadir o quitar términos de esta cadena, usando términos MeSH o lenguaje natural, lo que más nos convenga. Así que, en nuestro ejemplo, a la cadena de texto le añadiríamos NOT clavulanate en la caja de búsqueda y volveríamos a pulsar sobre el botón “Search”.

Y aquí lo vamos a dejar por hoy. Simplemente decir que hay otras formas de utilizar los términos MeSH, usando el formulario de búsqueda avanzada, y que podemos acotar todavía más los resultados utilizando algunos recursos, como las Clinical Queries o el uso de límites. Pero esa es otra historia…